Ve starověku sice ostrovy navštěvovali arabští kupci a indičtí námořníci, nicméně nikdy nebyly osídleny trvale. Jako první na ostrovech přistáli v roce 1502 Portugalci, pod velením Vasca da Gama. Ostrovy byly v té době zaneseny do námořních map.

Ověřené záznamy o prvním osídlení pocházejí až ze 17. století, kdy na ostrovech zřizují kolonii Francouzi pod vládou Ludvíka XV. Francouzi ostrovy nazývají podle ministra financí Jeana Moreaua de Seychelles a přivážejí do země na svých lodích otroky Indiány a Afričany.

Během napoleonských válek se ostrovů zmocňují Britové. Ostrovy Britům připadají v roce 1814 Pařížským mírem a správním centrem stanoví Mauritius. Za vlády Britů bylo zrušeno otroctví a populace se zvyšuje na 7000 obyvatel. V roce 1840 bylo založeno hlavní město a na počest královny je pojmenováno jako Victoria.

V roce 1903 se Seychely stávají samostatnou britskou kolonií oddělenou od Mauriciu. V prvních volbách v roce 1967 hlasují voliči proti samostatnosti a trvají na stálém spojení s Velkou Británií. Seychelské ostrovy získávají nezávislost na Británii v roce 1976 a po 200 letech se zbavují nadvlády Evropanů. V roce 1977 nastává v zemi státní převrat a je vyhlášen socialistický stát jedné strany, který zde trvá až do roku 1991, kdy parlament odhlasuje návrat k systému více stran. V roce 1993 je vyhlášena nová ústava a svobodné volby.

Z dob kolonialismu se zde zachovala angličtina i francouzština jako úřední jazyky. Třetím úředním jazykem je kerolština.